Mùa giải chính của Major League Soccer diễn ra từ tháng 3 tới tháng 10. Các đội được chia thành hai Liên đoàn phía Đông và phía Tây, chơi 34 trận đấu theo lịch thi đấu không chia đều. Vào mùa giải 2018, với 23 đội tham dự, mỗi đội thi đấu 23 trận với các đội trong cùng Liên đoàn và 11 trận với các đội từ Liên đoàn bên kia.[6][18] Vào mùa giải 2019, với 24 đội tham dự, lịch thi đấu dự kiến sẽ là mỗi đội sẽ thi đấu 22 trận đấu với các đội trong cùng liên đoàn, trong đó sẽ có hai lần gặp cùng một đội, và thi đấu thêm 12 trận với các đội từ liên đoàn khác, trong đó chỉ có một lần gặp một đội, tổng cộng là 34 trận. Vào giữa mùa giải, các đội sẽ nghỉ ngơi cho trận đấu All-Star Game thường niên, một trận thi đấu giao hữu giữa các cầu thủ xuất sắc nhất giải và một câu lạc bộ lớn từ một liên đoàn khác.[19] Vào cuối mùa giải chính, đội có tổng điểm cao nhất sẽ đoạt danh hiệu Supporters' Shield.[20]

Không giống như các giải đấu bóng đá trên thế giới, nhưng lại tương tự như các giải thể thao khác ở châu Mỹ,[21] kế sau mùa giải MLS chính thức sẽ là vòng playoff MLS Cup gồm 12 đội vào tháng 11, và kết thúc với trận chung kết vô địch MLS Cup vào đầu tháng 12.[22]Mặc dù một số nhà bình luận cho rằng vòng đấu playoff làm giảm độ quan trọng của mùa giải chính,[23] Giám đốc giải Don Garber đã giải thích rằng "Mục đích của chúng tôi là có một giải đấu có giá trị, và vòng playoff khiến cho giải có ý nghĩa hơn."[24]

Lịch thi đấu từ xuân tới thu của Major League Soccer trùng với lịch FIFA và các giải đấu quốc tế mùa hè như World Cup và Cúp vàng CONCACAF,[25] khiến cho một vài cầu thủ bị lỡ một vài trận đấu MLS.[26]Trong khi MLS đã tính tới chuyện đổi sang thể thức thi đấu từ thu sang xuân, hiện chưa có kế hoạch chính thức nào như vậy. Nếu chuyển lịch thi đấu, giải vẫn sẽ cần phải có một kỳ nghỉ đông dài do có các đội có trụ sở tại những nơi có khí hậu mùa đông khắc nghiệt.[27][28][29] Giải cũng sẽ phải cạnh tranh với những giải đấu phổ biến và thu hút chú ý của truyền thông như National Football League (NFL) vào mùa thu và đông cùng với National Basketball Association (NBA) và National Hockey League (NHL) đều có lịch thi đấu từ thu tới xuân.[29]

Các giải đấu khác

Các đội MLS cũng thi đấu tại các giải quốc tế và trong nước khác. Mỗi năm, năm đội MLS — bốn từ Hoa Kỳ và một từ Canada — thi đấu tại CONCACAF Champions League trước các câu lạc bộ khác từ khu vực CONCACAF (México, Trung Mỹ và Caribe). Hai đội MLS tại Hoa Kỳ được tham gia giải dựa vào kết quả từ mùa giải chính MLS: đội vô địch liên đoàn phía Tây và đội vô địch liên đoàn phía Đông. Đội bóng Hoa Kỳ thứ ba được tham dự giải là đội thắng MLS Cup. Một đội MLS thứ tư tại Hoa Kỳ có thể tham dự giải thông qua U.S. Open Cup,[30] nơi các đội tại Hoa Kỳ thi đấu với các câu lạc bộ hạng dưới. Nếu một đội giành được quyền tham dự giải thông qua nhiều suất vé cùng lúc, hoặc một đội MLS tại Canada đoạt được bất kì suất vé tại MLS nào, suất vé thứ tư này sẽ dành cho đội Hoa Kỳ có thành tích tốt nhất trong bảng danh hiệu Supporters' Shield nhưng không đủ điều kiện tham dự. Các câu lạc bộ MLS Canada sẽ thi đấu với các câu lạc bộ Canada hạng dưới tại Giải vô địch Canada để giành một suất tham dự Champions League của Canada.[31] Chưa có câu lạc bộ MLS nào vô địch Champions League kể từ khi giải bắt đầu thể thức hiện tại vào năm 2008, khi mà các câu lạc bộ México đang làm chủ giải đấu này, nhưng các đội MLS cũng đã lọt vào chung kết ba lần: Real Salt Lake vào năm 2011, Montreal Impact vào năm 2015, và Toronto FC vào năm 2018. Bắt đầu từ năm 2018, nhà vô địch MLS Cup năm trước sẽ thi đấu tại giải Campeones Cup, với một trận đấu duy nhất trước đội thắng trận Campeón de Campeones từ giải Liga MX (Giải bóng đá vô địch quốc gia México), được tổ chức bởi đội MLS đó vào tháng 9.[32] Trận đấu đầu tiên sẽ diễn ra giữa Toronto FC và Tigres UANL.